Plant MITE

SE3150208

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_10805
Fragaria vesca
SE3150208
PIF/harbinger
FrvP7
LG6:14948111-14948500
TAT
AGAGCATCTTTATCA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TATA               GA        -----    ---   TTT  --- CTATTTTAGAGAGCGTGTTTAGTTTTTTGGGTATCTTAGAAGCTCCAGCAAACTAGTCAAAGTTTAGCTATTTTAATATTTAGCTATCTCGTTAGCTAAATATAGCTAGCGTAACTAGTGAGATGTGACTCTCTATAATTTAATACATTC
    AGAGCATCTTTATCA  CTCTTTAT     TTTA   GCT   TA   G                                                                                                                                                      
    |||||||||||||||  ||||||||     ||||   |||   ||   |                                                                                                                                                       
    TCTCGTAGAAATGGT  CGATCGGT     TTTA   TAA   AA   G                                                                                                                                                      
  AA               TA        AAAAA    ATT   ---  TCA TTTAATCGCTTTTTACAGTAAAACCGATCGCTGAAAATTCTATGCAGACGTAGTTACGAGAGATAAAATCGATCATAATTTAATTATAATAAGATATTTACTTCTAATTTATAAATATACATAAATATATAGTGTAATTATTGAATTTTA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3150208

TATAAGAGCATCTTTATCAGACTCTTTATTTTAGCTTTTTAGCTATTTTAGAGAGCGTGTTTAGTTTTTTGGGTATCTTAGAAGCTCCAGCAAACTAGTCAAAGTTTAGCTATTTTAATATTTAGCTATCTCGTTAGCTAAATATAGCTAGCGTAACTAGTGAGATGTGACTCTCTATAATTTAATACATTCATTTTAAGTTATTAATGTGATATATAAATACATATAAATATTTAATCTTCATTTATAGAATAATATTAATTTAATACTAGCTAAAATAGAGAGCATTGATGCAGACGTATCTTAAAAGTCGCTAGCCAAAATGACATTTTTCGCTAATTTGACTAAAATTTAATTTAAAAATGGCTAGCATTGGTAAAGATGCTCTAA

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