Plant MITE

SE3120212

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_10809
Fragaria vesca
SE3120212
Mutator
FrvM12
LG2:10853836-10854240
TACCACTGT
TGGGTAAGGCTATGATGTGTTA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TACCACTGTA    --T  GG        T        -  GTCATGCATCAACTATGTCATAAAGTTGTAAAATGAGTCTCAAGTAATAATATTAGTCCTCAAAGTTGTAATGTAAGTCCTTAAAGTTGTAAAATTTTAGTTTCAACATTAGTCCTCATGTGTTGTTAAAATGGTAATTGAGTCCTCAAAGTTGTAACAACTTTC
          TGGG   AA  CTATGATG GTTAATGC AT                                                                                                                                                                     
          ||||   ||  |||||||| |||||||| ||                                                                                                                                                                     T
          ACCC   TT  GATGTTAC CAATTTGA AC                                                                                                                                                                     
    TATGTC    CTT  AA        T        G  AGTATTTCAACATTGTGCTCAGAAGTTTCATCATTATAATCAGAAAGTTCAACATTATACTCAGGAATTTCAACATTTTTTGAATTAATGTTGTAATCAGTAGTACACAACAATTTCACCATTTTACACACGAATTTCACTATTAACTCAGAAGTTTCACTATTT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3120212

TACCACTGTATGGGTAAGGCTATGATGTGTTAATGCATGTCATGCATCAACTATGTCATAAAGTTGTAAAATGAGTCTCAAGTAATAATATTAGTCCTCAAAGTTGTAATGTAAGTCCTTAAAGTTGTAAAATTTTAGTTTCAACATTAGTCCTCATGTGTTGTTAAAATGGTAATTGAGTCCTCAAAGTTGTAACAACTTTCTTTTATCACTTTGAAGACTCAATTATCACTTTAAGCACACATTTTACCACTTTAACAACACATGATGACTAATGTTGTAATTAAGTTTTTTACAACTTTAAGGACTCATATTACAACTTGAAAGACTAATATTACTACTTTGAAGACTCGTGTTACAACTTTATGACAGAGTTTAACTCATTGTAGAATTTTCCCCACTGTAT

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