Plant MITE

SE4130012

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_10972
Theobroma cacao
SE4130012
hAT
Hat2
Tc03:5127140-5127663
CTTTGATG
TTGATGTAGGG

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

CT    T      GC         CCTTTAAAGGTTTAAAACGATTAAATATTTAAATGAGGTCCTTATTGAGCCAAAAAAAAAAATAAATGAGACCCTTTTTATTGAAATTAAAAAAAATTACTGTTAGTAGGAGATCATTAAAAACATATTCTGTTAATTGAAAATAGAAAAAAAATAATTGAGAATTATTAGCATTATGGGAATTGGGAAGTGATAAAAAATAAAAATTTATTAGACAGATAATTGAGAAAGTGAGAGAA
  TTGA GTAGGG  GGCTCAATA                                                                                                                                                                                                                                               
  |||| ||||||  |||||||||                                                                                                                                                                                                                                                
  AGTT CGTCCC  GACCGAAAT                                                                                                                                                                                                                                               
GT    T      --         CGTATTTCGGTCGTTTCGGGAACGAAATCCGAAGTATTAAAAGATCTGGAGTATTTAAATATATTATATTAATTAATATAATTTATATATATATTTAATTTTATTAATTATTTTATAAAAAATTTAATTTACAGATAATTTATAAATAAAAGAAAATGAAGGATAGAGAATAATTAAGAGTTGATAAATAGAGTGAAGGAATAAATACACTTTCAGTTTTATTAATTATTTTAGTGTAT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE4130012

CTTTGATGTAGGGGCGGCTCAATACCTTTAAAGGTTTAAAACGATTAAATATTTAAATGAGGTCCTTATTGAGCCAAAAAAAAAAATAAATGAGACCCTTTTTATTGAAATTAAAAAAAATTACTGTTAGTAGGAGATCATTAAAAACATATTCTGTTAATTGAAAATAGAAAAAAAATAATTGAGAATTATTAGCATTATGGGAATTGGGAAGTGATAAAAAATAAAAATTTATTAGACAGATAATTGAGAAAGTGAGAGAATATGTGATTTTATTAATTATTTTGACTTTCACATAAATAAGGAAGTGAGATAAATAGTTGAGAATTAATAAGAGATAGGAAGTAAAAGAAAATAAATATTTAATAGACATTTAATTTAAAAAATATTTTATTAATTATTTTAATTTATATATATATTTAATATAATTAATTATATTATATAAATTTATGAGGTCTAGAAAATTATGAAGCCTAAAGCAAGGGCTTTGCTGGCTTTATGCTAAAGCCAGCCCTGCTTTGATG

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