Plant MITE

SE0650038

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_11016
Thellungiella halophila
SE0650038
PIF/harbinger
To17
scaffold_8:1691351-1692127
TTA
AGGGCATCTCCAA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TT   G         CCCACC  TGTTTTAGAGGTAAAAATAGAAATTATACTCCAATTCATTTCTATTTTCACCTCTAAAATAGAAATTGCTATTTTTTCCTCCAAATATAGAGGGATTCTATTTTTTCTCTTTATAATAGAGGTAAACTTTTTTATTTATAAAACAGTCCTTTAACTTTTAAATCTTTTTATTTATGTAAAAAGTATAATTTTTTTTATGAATATAAATGTGATAATTTTGGTTATAGTTTAAAAAAAAATTAAAAACATATGATATTATTAAATATAAAAATTCTCATTGCAAATTAATCTACAAAAAGATAATTACAAATTAAAAATATATAAAAATAAATGAAAAATAACATCAATTTAATTTATGAATTTTTACT
  AGG CATCTCCAA      TC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                
  ||| |||||||||      ||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 
  TCT GTAGAGGTT      CC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                
AT   G         -----A  AACGGAGATAAAAACGGAGATTTTATCTCCTTGAGATTTTATCTCCATATAAACAGAAGTTACCAATGGAGATAAAAAGGGAGATTTTTCCTTATAAGAGTCATATAAGAAGAAAAATTAACAAGAATTGTGGAAAATAACTATTTTAAATACTTACTTGGGGTGAATAAAAAAAAATGTTTTTAAATGTCTTTAATATTATTATGATTGAAACTATTTATTTTAAACACTTAATTAGAAAATGACATGAAAAATATTTTCAAAAGTATTTAATATTATTATGATTGGAAACTGATGATTTTAAAAATTTAATTAGGGTGAATACAATGAAAAAATACTTTCAAAGTTGTATAATATTATCATAATCT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE0650038

TTAGGGCATCTCCAACCCACCTCTGTTTTAGAGGTAAAAATAGAAATTATACTCCAATTCATTTCTATTTTCACCTCTAAAATAGAAATTGCTATTTTTTCCTCCAAATATAGAGGGATTCTATTTTTTCTCTTTATAATAGAGGTAAACTTTTTTATTTATAAAACAGTCCTTTAACTTTTAAATCTTTTTATTTATGTAAAAAGTATAATTTTTTTTATGAATATAAATGTGATAATTTTGGTTATAGTTTAAAAAAAAATTAAAAACATATGATATTATTAAATATAAAAATTCTCATTGCAAATTAATCTACAAAAAGATAATTACAAATTAAAAATATATAAAAATAAATGAAAAATAACATCAATTTAATTTATGAATTTTTACTTCTAATACTATTATAATATGTTGAAACTTTCATAAAAAAGTAACATAAGTGGGATTAATTTAAAAATTTTAGTAGTCAAAGGTTAGTATTATTATAATTTATGAAAACTTTTATAAAAAGTACAGTAAAAGATTAATTCACAAATTTTATTTATCAAAGTTAGTATTATTATAATTTCTGTAAATTTTTGTAAAAAAAAATAAGTGGGGTTCATTCATAAATTTTATCAATAAAAGGTGTTAAGAACAATTAAAAAGAAGAATATACTGAGAATATTCCTTTTTAGAGGGAAAAATAGAGGTAACCATTGAAGACAAATATACCTCTATTTTAGAGTTCCTCTATTTTAGAGGCAAAAATAGAGGCAACCATTGGAGATGGTCTTA

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