SE3730037

Basic info.

  • MITE ID
  • Species
  • MITE identifier
  • Superfamily
  • Family
  • Genomic location
  • TSD
  • TIR
  • MITE_11105
  • Solanum lycopersicum
  • SE3730037
  • hAT
  • Hat4
  • SL2.40ch05:62689859-62690572
  • AGTTTGAG
  • TAGGGGTGTTCGT

Secondary structure and sequence

TSD    TIR
5'



3' 
AGTTTGAG     G       AG    -    G ATCGATTATTGGTTAAAATCAAAATCAAATTAATTTAATCGGATTTTTAAATTCCTATAACCAAATCAAAAAAATAACCATCGGTTTGGTTATTGATGATTTGGTTTAGATTTTTTGGTTTATTCGATTTGAAAACAATAATTTTTTTTTGGAAGTATGAATCTTGATAGACTCAAACACTAAGTACATGAAGAATCTACAGAAAAGTTAATGTCAATTTAGTCAAACAATTAAGTAATATTAGAGTTATCATTGCACGAACAAAGTGATTCATTTAAGAGAAAGTGTGACTATTTTATGTGAAGTACAATAGGTAAATACTAAA
        TAGGG TGTTCGT  TTTG ATTT G                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     
        ||||| |||||||  |||| |||| |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
        ATCCT ACAAGTA  CCAA ACCA A                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     
GAGTTTGA     A       --    T    - TTGTTGGTTTGGTTTGCGTAAAGCTTAGTTTACCTAAATTTTTTAACTAAAAACCAAATCAAATTAATCTAAACCAAAAATTTAAACCTTTTAGCTATGATAAACCAATCCAAAACTAAAATGATTTTTTGTTGACGTTTTTATTGGTTTAGTTTGGCTGTTTAATCTATATATTTGAAATATTAATAAATATATAATAAGTATTCATTTAGTTTTTATAAAACAATTTAAAACTTATTGAATTCAGAAATTGAAATGTTAAAAGAGTTCGGGTTACGAAATCAGGTTGATATTGTTAGAGTTTAGATTTAGGTGGTTTTAGATA
Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID MITE identifier Chr Start End
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID MITE identifier Chr Start End

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