Plant MITE

SE3730122

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_11190
Solanum lycopersicum
SE3730122
hAT
Hat7
SL2.40ch12:2796562-2797193
AGTATTAC
GTATTACTAGAATCGTCAATATGGGCTACGCT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

A   T    -   ATC              C   ---         GGCTTGGCCTAACATGGAATTTAATAGGATTGGACTATAATTTTTGGAGCTCATTTGAGAAAAGGACTTTTTAACCTAGCCTGAATAAGTCTGTTGATTTGTAGGGCTTGAGAAATATCAGTAGGATCGGCCCGTGGGTCAATAAAAATTAATTAAAAAATATAATATAATATTAAAATTTAAAATTAAAAAGAGTTCAAACTCAAAACAATTAGGTTAATATTTCTATTTAGATATTTATGCTTTTACTTGAAAAAAACTTAATAAATACTA
 GTA TACT AGA   GTCAATATGGGCTA GCT   TGTTGGGCC                                                                                                                                                                                                                                                                                 
 ||| |||| |||   |||||||||||||| |||   |||||||||                                                                                                                                                                                                                                                                                  
 CAT ATGA TCT   CAGTTATACCCGAT CGG   GAGTAAGCT                                                                                                                                                                                                                                                                                 
    T    A   CGA              -   GTA         CGATTAAGTATATCCGAAATTATAAAATGCCCAGTCCAGCCCGATCGAGTTAAAATCACACCCGACCTTTTGCCGGCCGGATTGGGTGTTCATGCACCCGGTGTATGAACAACTCAGTTGAGTGAAATAAATTTTTAATAAAATGAAAATCTTAATAATTTAATTTAATATTTAATATTAAATTTTATATAATAGTATTTATAGCCGTTTTGTTACAATGTACTACAATTACAATAATGAAAAATTAGTTTAGGTGTTTATTTTAATAGAAAC

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3730122

AGTATTACTAGAATCGTCAATATGGGCTACGCTTGTTGGGCCGGCTTGGCCTAACATGGAATTTAATAGGATTGGACTATAATTTTTGGAGCTCATTTGAGAAAAGGACTTTTTAACCTAGCCTGAATAAGTCTGTTGATTTGTAGGGCTTGAGAAATATCAGTAGGATCGGCCCGTGGGTCAATAAAAATTAATTAAAAAATATAATATAATATTAAAATTTAAAATTAAAAAGAGTTCAAACTCAAAACAATTAGGTTAATATTTCTATTTAGATATTTATGCTTTTACTTGAAAAAAACTTAATAAATACTACAAAGATAATTTTATTTGTGGATTTGATTAAAAAGTAATAACATTAACATCATGTAACATTGTTTTGCCGATATTTATGATAATATATTTTAAATTATAATTTATAATTTAATTTAATAATTCTAAAAGTAAAATAATTTTTAAATAAAGTGAGTTGACTCAACAAGTATGTGGCCCACGTACTTGTGGGTTAGGCCGGCCGTTTTCCAGCCCACACTAAAATTGAGCTAGCCCGACCTGACCCGTAAAATATTAAAGCCTATATGAATTAGCTCGAATGAGATGGGCTAGCCCATATTGACAGCTCTAAGTATTAC

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