Plant MITE

SE3730188

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_11256
Solanum lycopersicum
SE3730188
hAT
Hat12
SL2.40ch08:27382117-27382839
CTAATGAC
TAGGGGTGTTCAAGGGTTGGTTTGGATCGGTT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

CTAATGAC          CAA  GT   -TTT         ATT     --           AATCAATTTAATCGATTTTAAAATTATCAAAATCAAACAATACCAAATATAGTGTATATTTATCGGCTTGGTTATTTTCTGTTTTGATTTTTTTGGTTCGGTTTTTCGGTTATTAACCATACATAAAAAAAATCATTTAAAACGTGAATATAGTGACAACAATCTATTCAAACGAAAAAATAGTTAAAATGAATGTCATTACAGAACTTTTGATCATTGAATTTACTGATAAAACTTAAAAATTCACTATTTTGGCATTATACAGAAGACGCAATGACATTTTTAATCTCACAAAGAATTTC
        TAGGGGTGTT   GG  TGG    GGATCGGTT   GGCCA  AAATTAAAATC                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
        ||||||||||   ||  |||    |||||||||   |||||  |||||||||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                              G
        ATCCCCACAA   CC  ACT    TTTAGCTAA   GTTTA  TTTTTAATTTG                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
CTGTAATC          TTA  AT   TATT         ---     GT           GTTTAGTTAATTTAATTACTTAAATTAAACTTAAAAATAAACGAAACTAAAATCTACCAATTGTTGGCTATCATAAACCAAACTAATACTAAAACAAGTTTTTTTATCTTCTTTATTAGCTTGGCTTAGCTGTTCAATATATGTATTTTAAATAATAATTATGTATGTGTTATTAATATAAGTATTTGTTAAAATTTCTAAAATATATACAAAGTAATTTTAAATAAATATTAAATGAATACTTTTTTATATAGGTTCCACTCTTGTAAAAATAATAACCAAAGTACATATACTCACAGACA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3730188

CTAATGACTAGGGGTGTTCAAGGGTTGGTTTGGATCGGTTATTGGCCAAAATTAAAATCAATCAATTTAATCGATTTTAAAATTATCAAAATCAAACAATACCAAATATAGTGTATATTTATCGGCTTGGTTATTTTCTGTTTTGATTTTTTTGGTTCGGTTTTTCGGTTATTAACCATACATAAAAAAAATCATTTAAAACGTGAATATAGTGACAACAATCTATTCAAACGAAAAAATAGTTAAAATGAATGTCATTACAGAACTTTTGATCATTGAATTTACTGATAAAACTTAAAAATTCACTATTTTGGCATTATACAGAAGACGCAATGACATTTTTAATCTCACAAAGAATTTCGACAGACACTCATATACATGAAACCAATAATAAAAATGTTCTCACCTTGGATATATTTTTTCATAAGTAAATTATAAATAAATTTTAATGAAACATATATAAAATCTTTAAAATTGTTTATGAATATAATTATTGTGTATGTATTAATAATAAATTTTATGTATATAACTTGTCGATTCGGTTCGATTATTTCTTCTATTTTTTTGAACAAAATCATAATCAAACCAAATACTATCGGTTGTTAACCATCTAAAATCAAAGCAAATAAAAATTCAAATTAAATTCATTAATTTAATTGATTTGGTTTAATTTTTTGATTTGAATCGATTTTTATTCATACCATTAACACCCCTACTAATGTC

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