Plant MITE

SE0810030

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_11659
Thellungiella salsuginea
SE0810030
Tc1/Mariner
St4
Scaffold_2310:41865-42150
TA
TACTCCGTCTATTTTATAATAATTGATTTTCTAAGGTTTTATTCATGTTG

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

      G   A                   CTA       AT        -----C    TAGTTAATTTTCTACATTTAATTAATGTTTGTCTGTTCTTTAAATTAATGATTTATAGTTAATATATGTTATTTTAACATATGTTAA
TACTCC TCT TTTTATAATAATTGATTTT   AGGTTTT  TCATGTTG      ACAA                                                                                       
|||||| ||| |||||||||||||||||||   |||||||  ||||||||      ||||                                                                                        
ATGAGG AGA AAAATATTATTAATTAAAA   TCTAAAA  AGTGCGAT      TTTG                                                                                       
      G   C                   -AA       --        TAATTC    AAAATTACAAATCGATATTTATATAATAAAAGAGAATGATTTTGTCGAAAAATAACATTATTTGGTTAGTATTAAGTAGATAGAGTT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE0810030

TACTCCGTCTATTTTATAATAATTGATTTTCTAAGGTTTTATTCATGTTGCACAATAGTTAATTTTCTACATTTAATTAATGTTTGTCTGTTCTTTAAATTAATGATTTATAGTTAATATATGTTATTTTAACATATGTTAATTGAGATAGATGAATTATGATTGGTTTATTACAATAAAAAGCTGTTTTAGTAAGAGAAAATAATATATTTATAGCTAAACATTAAAAGTTTCTTAATTAGCGTGAAAAATCTAAAAAATTAATTATTATAAAACAGAGGGAGTA

Copy Cancel